Rozpočtová organizácia hospodári s rozpočtovými prostriedkami a s prostriedkami prijatými od iných subjektov. Zostavuje svoj rozpočet príjmov a výdavkov. Pritom sa riadi záväznými ukazovateľmi štátneho rozpočtu určenými zákonom o štátnom rozpočte na príslušný rozpočtový rok a zriaďovateľom. Účelovo určené peňažné dary sa použijú v súlade s ich určením. Zriaďovateľ určí, ktoré vnútorné organizačné jednotky v rámci rozpočtovej organizácie v jeho pôsobnosti budú hospodáriť iba so zvereným preddavkom ako preddavkové organizácie. Zriaďovateľ zároveň určí výšku preddavku a obdobie, na ktoré sa poskytuje, prípadne na to splnomocní rozpočtovú organizáciu, na ktorej rozpočet je preddavková organizácia hospodáriaca s preddavkom zapojená.
Rozpočtová organizácia
Rozpočtová organizácia sústreďuje všetky príjmy svojho rozpočtu na svojom príjmovom rozpočtovom účte a realizuje všetky svoje výdavky zo svojho výdavkového rozpočtového účtu. Môže sústreďovať svoje príjmy na iných účtoch a realizovať rozpočtové výdavky z iných účtov len v prípadoch ustanovených zákonom, alebo ak to vyplýva z právne záväzných aktov Európskych spoločenstiev a Európskej únie alebo z medzinárodnej zmluvy. Rozpočtová organizácia sústreďuje všetky príjmy a realizuje všetky výdavky prostredníctvom účtov vedených v Štátnej pokladnici, ak tak ustanovuje osobitný predpis.
Príjem z prenájmu majetku štátu v správe štátnej rozpočtovej organizácie je príjmom štátneho rozpočtu. Rozpočtová organizácia môže uzatvárať zmluvu o nájme veci s právom kúpy prenajatej veci, ak nájomné bude uhrádzať z prostriedkov Európskej únie a prostriedkov štátneho rozpočtu určených na financovanie spoločných programov Slovenskej republiky a Európskej únie.
Hospodárenie príspevkových organizácií
Príspevková organizácia hospodári podľa svojho rozpočtu nákladov, výnosov a výsledku hospodárenia. Jej rozpočet zahŕňa aj príspevok z rozpočtu zriaďovateľa, prostriedky vlastných finančných fondov, prostriedky prijaté od iných subjektov. Je povinná dosahovať výnosy určené svojim rozpočtom.
Príspevková organizácia uhrádza náklady na prevádzku, opravy a údržbu hmotného majetku, ako aj na obstaranie hmotného a nehmotného majetku z vlastných zdrojov a z príspevku od zriaďovateľa, pričom vlastné zdroje používa prednostne. Zriaďovateľ poskytuje príspevkovej organizácii príspevok na prevádzku v takej výške, aby jej rozpočet bol vyrovnaný; to neplatí, ak je príspevková organizácia zdravotníckym zariadením, ktorému patrí úhrada za poskytnutú zdravotnú starostlivosť podľa osobitného predpisu. Príspevok na prevádzku možno použiť aj na krytie odpisov najviac do výšky určenej zriaďovateľom. Zriaďovateľ môže príspevkovej organizácii krátiť alebo zvýšiť príspevok pri nedodržaní alebo zmene podmienok, za ktorých bol určený finančný vzťah medzi zriaďovateľom a príspevkovou organizáciou. Ak vlastné zdroje na obstaranie hmotného a nehmotného majetku nekryjú potreby príspevkovej organizácie, zriaďovateľ určí výšku príspevku na obstaranie ním určeného konkrétneho hmotného a nehmotného majetku. Príspevková organizácia vykoná po uplynutí rozpočtového roka zúčtovanie finančných vzťahov s rozpočtom zriaďovateľa alebo so štátnym rozpočtom.
Ak je výsledok hospodárenia kladný, tento nemôže byť dosiahnutý nesplnením úloh, obmedzovaním alebo zhoršovaním kvality služieb alebo zmenou podmienok, za ktorých boli záväzné úlohy a záväzné limity príspevkovej organizácii určené. Príspevková organizácia, ktorá vykazuje stratu z minulých rokov a v bežnom rozpočtovom roku dosiahla kladný výsledok hospodárenia, je povinná použiť tento výsledok hospodárenia na úhradu straty z minulých rokov, a to až do jej vyrovnania.