V roku 1990 v týchto štátoch zvíťazili vo voľbách národné fronty. Dokumenty, ktoré boli nimi následne prijaté, sa zakladali na odmietnutí legitimity ich pripojenia k Sovietskemu zväzu. Napriek tomu, že vedenie ZSSR tieto deklarácie neakceptovalo a pokúsilo sa o nastolenie poriadku pomocou rôznych silových akcií, vedenie Ruskej sovietskej socialistickej republiky v júli 1990 otvorene podporilo nezávislosť týchto krajín. V januári 1991 Boris Jeľcin podpísal dohody o východiskách medzištátnych vzťahov Ruska s Estónskom a Lotyšskom a tým uznal ich nezávislosť počínajúc 30.marcom a 4. májom 1990 – od momentu schválenia ich deklarácií o nezávislosti.
Geopolitická poloha pobaltských krajín
Z pohľadu klasickej geopolitiky východné Pobaltie (priestor kde sa nachádza Litva, Lotyšsko, Estónsko) predstavuje hraničnú a tranzitnú zónu, ktorá nemá podstatný význam pre veľké subjekty a veľkých svetových politických hráčov. Jej úloha sa niekoľkokrát zvyšovala len za podmienok globálnych posunov alebo transformácií, ktoré boli vyvolané činnosťou veľkých medzinárodných subjektov.
Regionálna úroveň
Tu už pobaltské republiky nadobúdajú ďaleko väčší význam. To, že sa stali členskými krajinami
NATO a Európskej únie prinieslo zmeny v geopolitickom priestore regiónu. Hranice týchto dvoch organizácií sa posunuli až k Ruskej federácii, čo podľa slov jej predstaviteľov podstatne skomplikovalo bezpečnostnú situáciu v regióne. Rusko sa obáva príchodu vojenskej infraštruktúry NATO až na hranice Ruska a Bieloruska. Tento pocit vyplýva zo zvláštnosti geostrategickej polohy pobaltských krajín, z ktorej vyplýva krídlový obchvat oblastí, ktoré sú pre Rusko a Bielorusko životne dôležité, infraštruktúrou NATO. Okrem toho, pobrežný pás územia pobaltských krajín predstavuje kľúč k Botnickému a Fínskemu zálivu a zabezpečuje operatívny priestor pre námorné sily NATO v celom Baltickom mori. V tomto kontexte obavy Ruska pramenia z toho, že pobaltské krajiny nepatria medzi krajiny, na ktoré sa vzťahuje Dohoda o konvenčných ozbrojených silách v Európe.
Pobaltské krajiny sa až doteraz nepripojili k Dohode a podľa Ruska to znamená, že územie pobaltských krajín formálne nespadá pod kvalitatívne a kvantitatívne ohraničenia výzbroje a vojenskej techniky. Z toho vyplýva, že z pohľadu Ruska existuje možnosť sústrediť na území pobaltských krajín neohraničené množstvo ozbrojených síl a techniky NATO. Rusko podľa jeho slov nemá žiadnu istotu, že na území pobaltských krajín nebudú vytvorené vojenské základne. Napriek tomu, že NATO sa o možnosti vytvorenia základní v Pobaltí vyjadruje negatívne, Rusko v tom neustále vidí hrozbu. V regióne je možná destabilizácia s možnosťou vzniku konfliktnej situácie na základe teritoriálnych požiadaviek voči Rusku zo strany pobaltských krajín. Faktom je tiež aj to, že Estónsko a Lotyšsko doteraz neratifikovali dohody o hraniciach.