Začiatkom roka 1939 sa ešte uskutočnila novelizácia Zákona o dani z piva a dani z umelých tukov. Zákonom č. 70/1939 Sb. z. a n. bola zrušená daň z vodnej sily.
Vznik Slovenskej republiky v marci 1939 znamenal aj nástup samostatného vývoja právneho poriadku. V mnohých oblastiach však počas nasledujúcich šiestich rokov neboli úplne nahradené všeobecne záväzné právne predpisy z obdobia československej štátnosti novými slovenskými právnymi predpismi. Finančné, resp. daňové právo nebolo v tomto smere výnimkou. Neuskutočnila sa daňová reforma a postupne prijímané daňové zákony a ostatné daňové predpisy vyjadrovali iba trend evolučného prispôsobovania sa predošlých daňových predpisov zmeneným podmienkam.
Obnova povojnového hospodárstva v podmienkach znovukonštituovanej Československej republiky bola neľahkou úlohou; osobitne to platilo pre finančné hospodárstvo štátu, výrazne poznačeného vojnovými udalosťami a kryštalizujúcimi sa zmenami v pomere politických síl. V rokoch 1945 a 1946 nebolo inej cesty, než nadviazať na právny poriadok z obdobia pred druhou svetovou vojnou a s čiastkovými zmenami ho používať do prijatia nových právnych predpisov. Daňové právo v tomto smere nebolo výnimkou. V tomto období ho však treba vnímať najmä z hľadiska širších súvislostí.
Druhá svetová vojna
Druhá svetová vojna zanechala rozvrátené hospodárstvo, s nejednotnou menou a s obrovským inflačným dlhom. Celkové škody a straty spôsobené národnému hospodárstvu obnovenej Československej republiky sa odhadovali na 1 351 miliárd korún v hodnote roku 1945. Nevyhnutnou podmienkou obnovy hospodárstva boli teda predovšetkým menové opatrenia.
Na úseku daní bolo prvoradou úlohou očistiť ekonomiku od právnych predpisov z obdobia okupácie. V podstate bol obnovený právny stav z obdobia predmníchovskej Československej republiky. Menšie zmeny sa vykonali iba pri osobitnej zárobkovej dani a pri dôchodkovej dani. Pri nepriamych daniach sa niektoré zmeny uskutočnili Zákonom č. 30/1946 Zb. a Zákonom č. 31/1946 Zb. V prvom prípade išlo o niektoré zmeny v oblasti spotrebných daní, z ktorých niektoré boli zrušené (napr. daň z minerálnych a sódových vôd, daň z vodnej sily a pod.). Nanovo boli upravené aj finančné monopoly, a to monopol na výbušné látky, tabakový monopol, monopol na umelé sladidlá, liehový monopol a monopol soľný.
Osobitným opatrením na úseku bolo uzákonenie mimoriadnych majetkových daní. Zákonom č. 134/1946 Zb. bola zavedená dávka z majetkového prírastku a dávka z majetku.
Ďalšiu orientáciu pri postupnom pretváraní daňového systému naznačila prvá celoštátna národohospodárska konferencia Komunistickej strany Československa, ktorá sa konala v marci 1946. Závery tejto konferencie schválil VIII. zjazd Komunistickej strany Československa a stali sa aj súčasťou vládneho programu z roku 1946, ktorý vošiel do histórie ako Budovateľský program vlády K. Gottwalda. Pre ďalšiu prestavbu daňovej sústavy tento program vytýčil zásadu, aby „daňový systém bol jednoduchý, prehľadný a každému daňovníkovi zrozumiteľný, aby sociálne spravodlivo rozdeľoval vecné bremená“. Sústavu priamych daní mala tvoriť daň z pracovného dôchodku, podniková daň a daň z bezprácnych dôchodkov. Rovnako sa predpokladala aj prestavba nepriamych daní. Do februára 1948 sa však z tohto programu podarilo realizovať iba novú úpravu zdaňovania príjmov z pracovného pomeru, a to Zákonom č. 109/1947 Zb. o dani zo mzdy, ktorá nahradila dovtedajšiu dôchodkovú daň. V dôsledku meniaceho sa pomeru síl na politickej scéne sa v tom čase podarilo presadiť aj Zákon č. 185/1947 Zb. o mimoriadnej jednorazovej dávke a mimoriadnej dávke z nadmerných prírastkov na majetku a Zákon č. 200/1947 Zb. o dani z predmetov luxusnej potreby (prepychová daň).
Po zmene politickej orientácie krajiny a následne aj spoločenského systému a hospodárskej organizácie vo februári 1948 boli v krátkom čase uzákonené ďalšie dve dane, zdaňujúce pracovné dôchodky občanov, a to pôdohospodárska daň (Zákonom č. 49/1948 Zb.) a živnostenská daň (Zákonom č. 50/1948 Zb.). Predstavovali zvýhodnenie malých a stredných roľníkov. Zákonom č. 283/1948 Zb. sa zaviedla nová daň označená ako všeobecná (nahradila dovtedajšie spotrebné dane), po novelizácii v roku 1949 s prívlastkom nákupná. V roku 1952 však bola zrušená a nahradená daňou z obratu a daňou z výkonov.
V roku 1950 sa uskutočnili niektoré ďalšie zmeny v daňovej sústave, a to uzákonením dane z literárnej a umeleckej činnosti (Zákon č. 59/1950 Zb.) a dane zo samostatnej činnosti (Zákon č. 60/1950 Zb.), ktorá však bola v roku 1952 nahradená daňou z príjmov obyvateľstva.
Napriek tomu, že uvedené daňové zákony prijaté koncom štyridsiatych a začiatkom päťdesiatych rokov, boli už zreteľne poznačené nástupom nových politických síl, už po krátkom čase ich existencie nevyhovovali vtedajšej vládnej garnitúre. Dôvodov bolo viac, spomeňme aspoň niektoré z nich. Predovšetkým sa konštatovalo, že „prudký a dynamický vývoj hospodárskeho života nášho štátu od čias budovateľského programu, mohutný rozmach socialistického sektora hospodárstva, vznik a vývoj poľnohospodárskeho družstevníctva, rozvoj foriem plánovitého hospodárstva a iné zmeny spôsobili, že Budovateľský program z roku 1946 zastaral a daňovú sústavu bolo potrebné znova prebudovať“. Stalo sa požiadavkou dňa, aby čoraz viac právnych predpisov bolo konštruovaných s prihliadnutím na sovietske skúsenosti. Napokon, v rámci pripravovanej daňovej.